①は、部門分けに悩んだ時の1つの基準です。
異論なく分けられない時もあるでしょうから、目安・考え方の参考にというところです。
②店舗の場合は仕方ありませんが、あまり細かく分けすぎるのはおススメできません。
理由は前記に記載した経理部門の混乱もありますし、何より、
作成した部門別損益が細かすぎると管理者（経営者）の理解がすすまない場合多いからです。
部門別損益は、管理者（経営者）が経営管理という業務を適切に行うための資料です。
まずは大まかに分け、その後の要望に応じて細分化していく。というのが適切な進め方でしょう。
また、実績を適切に把握した後のステップは、予算作成です。予算作成ができないような部門はあまり意味がないとも言えます。
③本社部門（間接部門）は、独立の部門として設定されているケースが多いです。
「それは間違っている！」というつもりは毛頭ありませんが、
往々にして本社部門の中に事業運営上、必須の部門が混じっていたりします（収益を生み出さない という意味での間接部門という取扱い）。
また、会社の事業別の規模に明らかな差がある場合、本社部門を別途独立に把握するというのはかなり違和感が残るところですので、この場合は本体といえるような事業に含めてしまう方が実態を表していると考えられます。
以上、簡単ですが、部門別損益の「部門分け」について記載いたしました。
また、「部門」という考え方が合わない会社も存在するでしょう。
例えば、事業所が本社工場１つだけ・事業内容も同じ形態のものが多いという場合です。
この場合には、無理くり「部門」にこだわる必要はありません。
まだ「部門」という考え方の必要に迫られていないだけの場合もありますので、「案件別管理」を徹底することが最重要課題となります。
なお、製造部門が１つ、販売部門が2つ以上といった場合には、
部門別損益の把握の仕方は同じですが、原価の割り振りをどうするのかをキチンとルールを決める必要があります。
事業撤退等の判断に至ってはさらに複雑です。
これらについても、毎月の部門別損益把握が基本です。
部門別損益の把握は、経営目標を設定する重要な単位で、
経営計画・予算作成において必ず必要になりますし、企業再生の場においては事業の撤退等の判断をするにも最重要の事項です。
ぜひ、毎月の実績確認の場において、部門別損益の把握を導入していきましょう！